Em Của Thời Niên Thiếu kể về một sự cố ngoài ý muốn xảy ra trong ngôi trường trung học vào đêm trước ngày thi đại học đã làm thay đổi số mệnh của hai con người. Trần Niệm là một cô gái có tính cách hướng nội, là một học sinh ưu tú trong trường. Cô luôn cố gắng nỗ lực học tập với mong muốn thi đỗ vào một trường đại học tốt.Nhưng tai nạn ngã lầu của một bạn học sinh cùng lớp xảy ra đã gây ra hàng loạt những sự việc phức tạp sau đó.