Nhà Của Ninja lấy bối cảnh ở Nhật Bản thời hiện đại. Phim kể câu chuyện về gia đình Tawara, gia tộc ninja cuối cùng. Họ đã bỏ lại nguồn gốc của mình sau một sự cố trong quá khứ, nhưng giờ đây gia đình phải đối mặt với cuộc khủng hoảng lớn nhất trong lịch sử Nhật Bản, một cuộc khủng hoảng có nguy cơ làm rung chuyển đất nước đến tận cốt lõi.