Trung Học Trong Trắng kể về Arisawa Ichika đăng ký vào một trường trung học nữ sinh ưu tú dành cho con cái của những gia đình giàu có. Nghĩ đến tương lai của con gái, mẹ Chihiro cố gắng hết sức để cùng nhau trang trải học phí nhưng cuộc sống của hai vợ chồng không hề dễ dàng. Khi Ichika học năm thứ hai trung học, trường này sáp nhập với một trường nam sinh để trở thành học viện chung, Học viện Asuran. Các học sinh rất hào hứng nhưng một nội quy mới của trường được ban hành cấm nam và nữ hẹn hò. Hơn nữa, nội quy còn nghiêm ngặt đến mức bất kỳ học sinh nào vi phạm nội quy và quan hệ tình yêu sẽ bị đuổi học.