Thiếu Niên Và Chim Diệc kể về cuộc hành trình đầy kỳ diệu của Mahito, một cậu thiếu niên, trong một thế giới hoàn toàn mới lạ. Với nỗi đau mất mẹ và mối quan hệ khó khăn với gia đình và bạn bè, Mahito dần trở nên cô đơn hơn bao giờ hết... cho đến khi gặp một chú chim diệc biết nói, làm thay đổi cuộc đời cậu. Mahito cùng chim diệc này bước vào một tòa tháp bí ẩn, nơi một thế giới thần kỳ mở ra, đưa cậu gặp gỡ những người thân thiết dưới hình dạng hoàn toàn mới lạ.