Mối Quan Hệ Phức Tạp kể về câu chuyện của Karisma (Maebelle Medina), một cô gái trẻ xinh đẹp và quyến rũ nhưng cũng có một quá khứ bí ẩn. Karisma sống cùng với mẹ và em gái trong một khu phố nghèo ở Manila. Cô phải làm việc quần quật để kiếm tiền phụ giúp gia đình. Một ngày nọ, Karisma gặp Edmar (Elora Espano), một chàng trai trẻ đẹp trai và giàu có. Edmar ngay lập tức bị thu hút bởi Karisma và bắt đầu theo đuổi cô.