Godzilla X Kong: Đế Chế Mới lấy bối cảnh sau trận chiến kinh hoàng giữa Godzilla và Kong trong phần phim trước, hai Titan giờ đây tạm thời hòa bình. Một thế lực bí ẩn xuất hiện, âm mưu thao túng Godzilla và Kong để thực hiện mưu đồ đen tối, đe dọa sự tồn vong của cả hai Titan và nhân loại. Cả hai cần hợp tác để chống lại kẻ thù chung, Godzilla và Kong buộc phải gạt bỏ hiềm khích, hợp tác cùng nhau.