Bí Mật Ngọt Ngào xoay quanh Cha Jin-wook (Sung Hoon), một CEO tài năng và điển trai, và Yoo Mi-rae (Song Ji-eun), một nữ nhân viên văn phòng bình thường. Sau một đêm tình cờ gặp gỡ, Jin-wook và Mi-rae có một mối quan hệ tình cảm ngắn ngủi. Tuy nhiên, họ chia tay vì những hiểu lầm. Ba năm sau, họ gặp lại nhau khi Mi-rae trở thành nhân viên của công ty Jin-wook. Lần này, họ quyết định cho nhau cơ hội để sửa chữa những lỗi lầm trong quá khứ và xây dựng một mối quan hệ bền vững.